レンタカーの利用料金には保険料が含まれているのが一般的です。しかし、車内装備の汚損などの場合には保険が適用されません。そのための清掃代として請求されたのかもしれません。スタッフと一緒に確認したということですので、規約を確認したうえで改めてレンタカー会社に問い合わせましょう。